В 1978 году окончил Физический факультет МГУ им. М.В.Ломоносова, кафедру физики Земли. С 1980 года после службы в рядах Советской Армии приступил к работе в Институте земного магнетизма, ионосферы и распространения радиоволн РАН в должности младшего научного сотрудника.  В 1988 году после окончания аспирантуры ИЗМИРАН  успешно защитил диссертацию на тему "Высокочастотная часть вековых вариаций геомагнитного поля внутриземного происхождения" на соискание степени кандидата физ.-мат. наук. В 1992 г. назначен на должность старшего научного сотрудника; в 1997-1999 гг.   работал в должности заместителя директора Отделения магнетизма Земли и планет.

 В настоящее время (с октября 2004 года) возглавляет лабораторию геомагнитных спутниковых исследований ИЗМИРАН.

Область научных интересов С.В.Филиппова сосредоточена на изучении пространственно-временной структуры  геомагнитного поля спектрально-статистическими  методами. В частности, им был теоретически обоснован и практически разработан алгоритм применения Метода Максимальной Энтропии (МЕМ) для исследования временных рядов магнитного поля Земли. На основе этого метода был также подготовлен и внедрен пакет программ для анализа палеомагнитных данных.  Совместно с В.П.Головковым и другими коллегами  участвовал в разработке методики построения Региональных Ортогональных Моделей (РОМ) векового хода магнитного поля Земли. При его участии были рассчитаны РОМ-модели вариации геомагнитного поля территорий США, Канады, Дальнего Востока и Японии.

С 2005 года руководит  работами лаборатории по изучению аномального геомагнитного поля с использованием спутниковых данных и данных стратосферных аэростатов.

На протяжении научной деятельности участвовал во многих российских и международных научных проектах (поддерживаемых фондом Дж. Сороса, РФФИ, ИНТАС и др.). В настоящее время является руководителем проекта РФФИ, членом секции Научного совета ИЗМИРАН "Магнетизм Земли и планет".

 Основные публикации С.В.Филиппова

N.M.Rotanova, N.E.Papitashvili, S.V. Filippov, T.A.Chernova. Determination and Analysis of Geomagnetic Field 60-yr. Variations on Data of Time Series of SHC // Geomagnetism & Aeronomy. v.23, N 5, p. 829-836,1983.

N.M.Rotanova, S.V.Filippov.  Identification and Analysis of the 1969 Jerk in Secular Geomagnetic Variations //Geomagnetism & Aeronomy. v.27, N 6, p. 1001-1005, 1987.

N.M. Rotanova, S.V. Filippov.  Morphology of geomagnetic field 20-year variations on data of world geomagnetic observatory net //Geomagnetism & Aeronomy. v.28, N.2, p.286-293, 1988.

S.V.Filippov,  N.M.Rotanova.  Using of analytical models for creating of space structure of geomagnetic 20-years variations //Geomagnetism & Aeronomy. v.29. N.6, p. 996-1000, 1989.

В.П.Головков, И.А.Бурдельная, С.В.Филиппов, К.Г.Кожоева. Региональное пространственно-временное моделирование методом естественных ортогональных составляющих. //Геомагнетизм и аэрономия, 1994, т. 34, №4, с.130-136.

В.П.Головков, И.А.Бурдельная, С.В.Филиппов, К.Г.Кожоева.   Учет векового хода геомагнитного поля с помощью непрерывных ортогональных моделей. // Геология и геофизика, 1996, т.37, №10, с.108-117.

 С.Фудшивара, Т.Танабэ, С.Ниши, М.Каидзу, С.Матцусака, В.П.Головков, И.А.Бурдельная, С.В.Филиппов. Региональная ортогональная пространственно-временная модель для территории Дальнего Востока.//Геомагнетизм и аэрономия, 1999, т. 39, №5, с.106-110.

I.A.Burdelnaja, V.P.Golovkov, S.V. Filippov, M.Kaidzu, S.Fujiwara, S.Nishi, T.Tanabe and S.Matsuzaka. Regional Orthogonal Models of the Geomagnetic Field Changes Over the Far East // Earth Planets Space, 1999, 51, pp. 287-296.

Ротанова Н.М, Харитонов А.Л., Фрунзе А.Х., Филиппов С.В., Абрамова Д.Ю.  Аномальные магнитные поля  из измерений на спутнике СНАМР для территории Курской магнитной аномалии. Геомагнетизм и аэрономия. 2005. Т. 45. № 5. С. 712-719.

Цветков Ю.П., Брехов О.М., Филиппов С.В., Бондарь Т.Н., Иванов А.А., Крапивный А.В., Николаев Н.С. Экспериментальные оценки погрешности измерений вертикальных геомагнитных градиентов в стратосфере. Геомагнетизм и аэрономия, 2007, том 47, № 4, с. 543-547.